W latach 1989–1994 studiowała na Wydziale Architektury Politechniki Krakowskiej. W 1998 r. otrzymała Stypendium Miasta Krakowa dla Młodych Twórców w dziedzinie architektury. Stopień naukowy doktora uzyskała w roku 2001 na Wydziale Architektury Politechniki Krakowskiej, broniąc pracy doktorskiej pt. „O czasie w architekturze”. Promotorem doktoratu był prof. Wojciech Buliński.
19 października 2016 r. Rada Wydziału Architektury PK nadała jej stopień doktora habilitowanego nauk technicznych w dziedzinie: architektura i urbanistyka, w specjalności: teoria i projektowanie urbanistyczno-architektoniczne. Podstawę postępowania habilitacyjnego stanowiła monograficzna publikacja książkowa pt. „Teatry interferencji. Współczesna architektura teatralna a nieformalna przestrzeń teatru”, stanowiąca kluczową fazę w jej badaniach naukowych nad architekturą użyteczności publicznej (w szczególności nad architekturą teatralną) i jednocześnie podsumowująca twórczą pracę zawodową.
Na Politechnice Krakowskiej jest zatrudniona od 2001 r. Obecnie pracuje jako profesor PK na stanowisku naukowo-dydaktycznym w Katedrze Projektowania Architektonicznego, gdzie prowadzi Zespół Projektowania Obiektów Kultury. Prowadzi zajęcia z projektowania architektonicznego obiektów użyteczności publicznej, również w języku angielskim dla stypendystów Programu Erasmus oraz na studiach Master of Architecture in English. Wykłada teorię i zasady projektowania architektonicznego. Jest konsultantem prac dyplomowych w zakresie projektowania obiektów teatralnych i sal widowiskowych.
Jej działalność naukowa oraz twórcza praca zawodowa mają ścisły związek z pracą dydaktyczną i popularyzatorską. Najważniejsze problemy, jakie podejmuje w swej pracy, dotyczą kształtowania współczesnych obiektów muzealnych, kultury (architektura dla sztuki w mieście) i teatralnych.
Jest wspólnikiem pracowni projektowej KOZIEŃ ARCHITEKCI — wraz z dr. inż. arch. Markiem Kozieniem i mgr inż. arch. Katarzyną Kozień-Kornecką — i współautorką ponad 40 twórczych prac projektowych z zakresu architektury użyteczności publicznej. Uprawnienia budowlane w specjalności architektonicznej bez ograniczeń uzyskała w 2006 r.
Prace architektoniczne zespołu Kozień Architekci były prezentowane na wystawach architektonicznych w kraju i za granicą (Budapeszt, Praga, Bratysława, Lublana, Oslo, Bruksela). Magdalena Kozień-Woźniak prezentowała je również na wykładach w Polsce, Libanie czy Brazylii. Prace twórcze były publikowane zarówno w opracowaniach o charakterze monograficznym, architektonicznych wydawnictwach albumowych, katalogach wystaw, architektonicznych czasopismach krajowych i zagranicznych.
Za działalność twórczą uzyskała wraz z zespołem 30 nagród i wyróżnień, 9-krotnie — pierwszą nagrodę w konkursie architektonicznym. Zrealizowane zostały 4 projekty konkursowe: Radia Koszalin, Muzeum Narodowego Ziemi Przemyskiej w Przemyślu, a we Wrocławiu — Teatru Capitol i filii Państwowej Wyższej Szkoły Teatralnej. Realizacje uzyskiwały nagrody i wyróżnienia. Obiekt Muzeum Narodowego Ziemi Przemyskiej w Przemyślu był nominowany do europejskiej Nagrody Miesa van der Rohe 2008 oraz wyróżniony w konkursie Nagroda Roku SARP 2008. Teatr Capitol we Wrocławiu zdobył Grand Prix w konkursie Piękny Wrocław 2013 oraz został wyróżniony w konkursie Nagroda Roku SARP 2013. Galeria Sztuki Współczesnej BWA w Nowym Sączu została uznana za najlepszy budynek Nowego Sącza I dekady XXI w. W 2020 roku zespół wygrał konkurs architektoniczny na przebudowę i rozbudowę Filharmonii Pomorskiej w Bydgoszczy.
Na Politechnice Krakowskiej sprawowała funkcję prodziekana Wydziału Architektury PK w latach 2005–2012 (2 kadencje). Była członkiem Senatu PK w latach 2005–2016 (trzy kadencje). W latach 2015–2016 z ramienia PK zasiadała w Radzie Związku Uczelni „Inno-Tech-Krak”. Ponadto działa w komisjach wydziałowych. Za osiągnięcia organizacyjne była nagradzana przez dziekana WA i rektora PK. Jest członkiem Rady Doskonałości Naukowej w kadencji 2019-2023. Została odznaczona Srebrnym Krzyżem Zasługi (2010 r.).
Jest członkiem Stowarzyszenia Architektów Polskich. W latach 2000–2006 pracowała w Zarządzie Oddziału SARP w Krakowie a od 2006 r. jest członkiem Kolegium Sędziów Konkursowych i sędzią w konkursach architektonicznych. W 2019 roku została odznaczona Złotą Odznaką SARP. Przynależy do Małopolskiej Okręgowej Izby Architektów, była sędzią Krajowego Sądu Dyscyplinarnego Izby Architektów RP.